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STAGING

Le projet STAGING a pour objectif de produire un génome de référence chez un invertébré hermaphrodite, la limnée des étangs, Lymnaea stagnalis (Mollusca, Gastropoda, Euthyneura, Panpulmonata, Hygrophila ; précédemment classé dans le sous-ordre des Basommatophores). Cette espèce est utilisée comme modèle dans des domaines scientifiques variés et qui partagent le besoin critique de disposer d’un génome de grande qualité (assemblage, annotation). Ce contexte a motivé la création du consortium international à l’origine du projet STAGING (ZP Feng, Université deToronto ; A Davison Université de Nottingham ; D Jackson, Université de Göttingen ; JM Koene, VU Université, Amsterdam ; MA Coutellec, INRA Rennes ; J Young, Harvard Medical School ; A Brandt, University of California, Berkeley). Les domaines scientifiques couverts par les questions de recherche de ce consortium incluent la neurophysiologie (déterminants neurologiques de divers comportements physiologiques), la reproduction chez les animaux hermaphrodites (conflits sexuels, évolution de l’hermaphrodisme et de l’autofécondation), la biologie évolutive du développement (chiralité, biominéralisation), l’écologie évolutive et comportementale (sélection sexuelle, réponse à la prédation, réponse évolutive aux contaminants environnementaux). Certaines de ces questions ont une portée finalisée (écotoxicologie, santé humaine). Le projet repose sur l’implication de partenaires experts en génomique et bioinformatique (Génoscope ; C Klopp, Génotoul ; URGI).

The objective of STAGING is to generate a reference genome for a hermaphrodite invertebrate species, the pondsnail Lymnaea stagnalis (Mollusca, Gastropoda, Euthyneura, Panpulmonata, Hygrophila ; previously classified in Basommatophora Suborder). This freshwater snail is used as model in various research areas, which share the critical need for a high quality reference genome. In this context, an international consortium has been created, gathering scientists who work on a broad spectrum of issues (ZP Feng, University of Toronto ; A Davison University of Nottingham ; D Jackson, University of Göttingen ; JM Koene, VU University, Amsterdam ; MA Coutellec, INRA Rennes ; J Young, Harvard Medical School ; A Brandt, University of California, Berkeley). Basic research issues are tackled by this consortium in the area of neuro-physiology (molecular mechanisms underlying neurological determinants of physiological behaviours), evolution of reproduction in simultaneous hermaphrodites (sexual selection and sexual conflict, mating system), evolutionary developmental biology (chirality, biomineralisation in Metazoa), ecological genetics and ecotoxicology (long-term consequences of human-induced environmental disturbance, genetics of predator detection). The project also entails applied perspectives (ecotoxicology, human health and disease). STAGING relies on the contribution of experts in genomics and bioinformatics (Génoscope ; URGI ; C Klopp, Genotoul Toulouse).