Mutualisation des compétences et des équipements français
pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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OakAdapt

Le projet porte sur le séquençage haut-débit de génomes et de transcriptomes de chêne sessiles afin de mieux comprendre les phénomènes d’adaptation de cette espèce à son environnement.
Dans un premier temps, Il sera notamment question de rechercher des signatures moléculaires de l’adaptation locale sur la base de deux gradients altitudinaux dans les Pyrénées. Des populations naturelles s’étageant de 100-1800m (ce qui représente un gradient de température de 6°C) on été échantillonnées entre octobre 2013 et avril 2014. Nous étudions à la fois la contribution de la variabilité structurale (reséquençage en pool de 8 populations) et de la régulation des gènes dans deux stades clés de la dormance du bourgeon végétatif (RNAseq en pool de 6 populations parmi les 8) à l’adaptation locale. Les séquences (8 librairies pour détecter les SNPs et 24 librairies pour étudier l’acculumation des transcrits) ont été réalisées par le Genoscope en 2015. Ces données ont été complétées par le séquençage des petits ARN sur les mêmes 24 échantillons de RNA-seq (fonds propres). Les analyses bioinformatiques, de génétique des populations et de génomique fonctionnelle sont en cours. La séquence génomique du génome du chêne pédonculé sert de référence à ces analyses. Dans un second temps, nous étudierons l’architecture génétique de la régulation des gènes lors de la dormance (entrée et sortie de dormance du bourgeon végétatif) grâce au séquençage du transcriptome de 150 descendants d’une famille de plein-frères. Les 150 échantillons en entrée de dormance (collectés en 2013) ont été séquencés en 2015 par le Genoscope et les mêmes 150 échantillons en sortie de dormance (collectés en 2014) le seront cet automne. Les analyses bioinformatiques et statistiques débuteront en 2016. Ce projet regroupe des équipes de l’INRA de Bordeaux, Versailles, Toulouse, Clermont-Ferrand et le CEA.