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pour l’analyse génomique et la bio-informatique

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Les plateformes de France Génomique

Les plateformes de France Génomique ...

 

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Créée grâce à un financement « Investissements d'Avenir », l'infrastructure France Génomique rassemble la majorité des plateformes de séquençage plateforme de séquençage et/ou de bioinformatique plateforme de bioinformatique en France ainsi que des plateformes associées à France Génomique plateforme associées à France Génomique, incluant:

- les plateformes nationales que sont le Genoscope et le CNG, regroupées au sein de l'Institut de Génomique du CEA à Évry, dont les capacités de séquençage, génotypage et bioinformatique permettent la réalisation de projets à très grande échelle,

- les plateformes de séquençage « régionales » de Marseille (TGML), Montpellier (MGX), Nice (IPMC), Paris (Institut Pasteur, Genomic Paris ENS, Genomic Paris CURIE), Strasbourg (IGBMC) et Toulouse (Genotoul), ayant chacune leur(s) expertise(s) et technologie(s) spécifique(s) ainsi que les outils de bioinformatique ad hoc,

- les plateformes de bioinformatique, associées ou non à une plateforme de séquençage, et qui sont soit dédiées au traitement des données issues du séquençage (analyses primaires ou secondaires), soit également spécialisées dans le développement d'outils innovants de traitement des données. Elles sont installées à Paris (Institut CURIE, Institut Pasteur), Orsay (eBIO), Versailles (URGI), Jouy-en-Josas (Migale), Evry (MicroScope, Institut de Génomique /CEA), Lyon (PRABI Lyon Doua), Rennes, Marseille, Montpellier, Lille, Toulouse.

- Les volumes de données à stocker et à traiter devant croître de façon exponentielle, les partenaires de France Génomique pourront très rapidement s'appuyer sur le TGCC - Très Grand Centre de Calcul - du CEA Très Grand Centre de Calcul du CEA, où seront implantés des équipements dédiés de stockage (initialement 5 Po) et de traitement (initialement 3000 coeurs) importants adaptés au volume des données, parfaitement sécurisés et évolutifs.

La plupart des plateformes de bioinformatique de France Génomique sont par ailleurs partenaires de l'IFB (Institut Français de Bio-Informatique), infrastructure également financée via les Investissements d'Avenir.